Você deve usar uma unidade no formato Mac para armazenar adequadamente todas as propriedades, permissões e partes importantes dos arquivos que poderiam ser perdidos.
(Se você tivesse apenas uma unidade FAT32, poderia criar uma imagem esparsa, montá-la no Mac e copiar os dados nela.)
Pessoalmente, eu usaria o SuperDuper! para gerar um disco inicializável do meu sistema existente, a qualquer momento antes de atualizá-lo. Ou, pelo menos, certifique-se de que seus backups da TimeMachine estejam atualizados e não excluindo quaisquer dados importantes.