De acordo com o este artigo da base de dados de conhecimento AutoRecuperação também é acionado fazendo alterações e deixando o Excel ocioso por mais de 30 segundos.
Até agora, todos os documentos sobre o processo que eu li mencionam que a AutoRecuperação já é feita em segundo plano, já que de minha própria experiência eu sei, então a razão é lenta, só posso supor que tem a ver com o tamanho de o arquivo e a localização para a qual ele está salvando.
Infelizmente, além de estender o limite de tempo, não consigo pensar de outra forma no seu caso particular que você possa acelerar esse processo.
Por interesse, eu diria que você tem uma máquina bastante robusta para fazer esse trabalho, já que mais memória pode causar um pequeno impacto no processo?