Como teste, criei uma pasta dentro da minha conta do Dropbox e enviei alguns arquivos. Eu criei um compartilhamento usando o recurso utilitário da interface da Web.
Depois de receber a confirmação do compartilhamento, usei o Windows File Explorer, criei uma segunda pasta e movi todos os arquivos da pasta de teste para a segunda pasta.
Em seguida, oDropbox gerou uma caixa de diálogo indicando que todos os arquivos compartilhados anteriormente perderiam o compartilhamento como resultado dessa transferência.
Eu suspeitava que isso aconteceria, pois é um comportamento típico de pastas compartilhadas comuns no Windows.
Você pode achar conveniente criar um local de pasta temporário ou permanente e mover as centenas de arquivos e pastas para esse novo local. Isso desativará os recursos fornecidos pelo compartilhamento do Dropbox, mas com a velocidade da ação de transferência de arquivos do Windows.
Se você não estiver usando o Windows, substitua seu gerenciador de arquivos preferido pelo sistema operacional em uso e suspeito que os resultados sejam os mesmos.