A pergunta é antiga, eu acho, adicionando esta resposta se alguém vier aqui! Para usuários do Windows 10, execute o seguinte código usando python. Toda vez que você alterar a variável path_to_add e executar este código, um novo caminho será anexado ao arquivo custom_path.pth.
# site_packages_path is the packages folder, which in my case is:
site_packages_path = r'C:\Users\Dhwani\AppData\Local\Continuum\anaconda3\Lib\site-
packages'
# path that you wanna add, which again in my case is
path_to_add = "C:\Users\P077172\Documents\Jupyter"
f = open(site_packages_path + "\custom_path.pth", "a")
f.write(path_to_add)