Eu tive o mesmo problema. Eu redefinir minhas configurações como @Stackcraft_noob. Isso trouxe minha janela no centro. O único work-a-round que eu encontrei está indo para Preferências > Gerenciador de configuração Openbox e clicando na seção de margens e definindo uma margem superior de 25px. Ele sempre se move para o topo, mas nunca oculta a barra de menus.