Depois de algumas tentativas e erros, eu tenho sido capaz de formatar uma partição exFAT no Ubuntu que está trabalhando no Windows 10. O truque é adicionar o sinalizador msftdata na partição (independentemente da partição está alinhado ou não):
sudo parted <DEVICE> set <PARTITION_NUMBER> msftdata on
Por exemplo:
sudo parted /dev/sde set 1 msftdata on
E funcionou para mim no Windows 10!
E, no caso de ajudar alguém, foi assim que criei uma única partição exFAT alinhada:
sudo parted /dev/sde mklabel gpt
sudo parted -a optimal /dev/sde mkpart primary '0%' '100%'
sudo mkfs.exfat /dev/sde1