Se alguma coisa atualizar os pontos de integração do shell (associações de arquivos, etc.), isso poderá fazer com que todas as janelas do shell sejam atualizadas, para que todos os arquivos tenham os ícones corretos, etc.
A área de trabalho é apenas uma exibição de shell que está sempre "aberta", e isso inclui a Barra de tarefas, etc., de modo que é possível que ela "pisque"?