Só para responder à minha pergunta - no final, não consegui restaurar os arquivos. O Jungledisk falha com esses erros, não importa o que eu tente. Parece que há alguns arquivos ausentes no bucket do S3. Provavelmente isso é resultado de algum erro de software no Jungledisk, já que este foi o único software que criou e manteve esse bucket. Os arquivos são armazenados divididos em partes, por isso não há como obter esses dados com algum software externo.
Enviei vários e-mails para o suporte do Jungledisk, mas isso também não ajudou. Já faz mais de duas semanas e não há uma resposta única para eles. Tudo o que recebi foi a confirmação de que meu cartão de crédito foi cobrado por mais um mês. Isso é muito triste.