Ao configurar o Cygwin, não instale apenas "tudo" que você pode instalar via "groups", que instalará as dependências necessárias.
Você precisa instalar os seguintes pacotes:
virt-manager, xinit and openssh
Configure o SSH Passwordless Login via RSA no Cygwin Terminal e teste o lançamento do Virt-Manager. Então você pode criar um atalho como eu fiz.
Eu também criei um vídeo no youtube. Por favor, veja esta questão para mais detalhes.