Não há riscos de segurança. No entanto, se o MBR for modificado por um sistema operacional, é possível não conseguir inicializar o outro, se ele for sobrescrito.
Você pode mantê-los completamente separados, se for o que você quer, se o seu BIOS suportar. Eu dual boot Windows e Linux e cada um tem seu próprio disco rígido, contendo seu próprio MBR. Eu fiz isso desativando uma unidade no BIOS e instalando o sistema operacional. Em seguida, reativei a unidade e desativei a outra e instalei o outro sistema operacional. Eu então reativei o drive. Por padrão, ele é inicializado no Windows, como é a unidade 0. Eu posso inicializar no Linux durante o POST, pois o meu BIOS me dá a opção de selecionar qual unidade inicializar.