Nas Preferências do Sistema, na seção Som, em "Efeitos sonoros" há uma opção no macOS Sierra "Reproduzir feedback quando o volume é alterado".
Se esta opção não estiver marcada, o comportamento descrito na pergunta ocorre (você ouve o feedback quando a tecla shift é pressionada).
Se esta opção estiver marcada, o feedback do som será reproduzido normalmente e será suprimido quando a tecla Shift for pressionada. Este é o comportamento padrão.
Para retornar ao comportamento ao qual você está acostumado, é necessário desmarcar esta caixa de seleção.
(informações do link )