Ao exportar PDF, o inkscape incorpora automaticamente as imagens vinculadas ao arquivo exportado. Portanto, se o comando for bem-sucedido e contiver a imagem vinculada, você não precisa se preocupar com a portabilidade do PDF.
Se o PDF exportado contiver a mensagem de erro "imagem vinculada não encontrada", o inkscape não o encontrou no momento em que o comando inkscape foi executado . Para resolver isso, você pode fornecer a imagem vinculada no caminho correto em relação ao local atual do arquivo SVG ou fornecer o caminho absoluto nos atributos xlink:href (isso pode ser feito por análise automática, por exemplo, com sed )