Você deve conseguir desativar a proteção de tela no VLC de tela inteira a partir do Preferences > Video > Show all settings > Disable Screensaver
.
Para desativá-lo para outros aplicativos de vídeo em tela cheia, você pode experimentar o lightsOn.sh
script daqui .
Eu não sabia ao certo o que você quer dizer com
Eu não quero ter que executar um script de shell para desabilitar o protetor de tela.
Acredito que isso significa que você não quer executar manualmente um script de shell.