Eu tive um problema semelhante.
A solução mais eficiente é aquela que você mencionou: mova tudo para a mesma pasta e remova as duplicatas.
Eu usei uma extensão para operar a remoção duplicada. Uma extensão mais antiga com menos recursos também está disponível, optei por usar o mais novo. A extensão que usei pode comparar corpos e cabeçalhos e também mostra um resumo antes de operar a exclusão. Também permite mover as duplicatas excluídas para uma pasta específica.
Eu não tentei na CLI, já que essa solução foi tão rápida que duvido que teria sido eficiente (para mim) procurar mais.