Sem a capacidade de testar e reproduzir extensivamente o problema, qualquer sugestão seria mera especulação.
No entanto, definitivamente soa como um problema de software. Se fosse um problema de hardware, como o disco rígido ou a memória, o fato de ser o único arquivo individual corrompido é estatisticamente extremamente baixo. Ainda assim, não faria mal verificar o hardware. Execute o memtest86 para testar a memória das máquinas quanto a falhas. Além disso, execute o scandisk no disco rígido e verifique se há erros. Melhor ainda, substituir o disco rígido por um disco de estado sólido, caso as vibrações na fábrica estejam causando o erro.
Tente abrir o arquivo corrompido com um editor hexadecimal, como este um . Verifique e veja se algum dos dados é legível e recuperável. Como medida de segurança, crie um script ou use um programa que faça backup desse arquivo com uma frequência aceitável.
No final, gostaria de falar com o fabricante do software, pois parece que o programa está gravando dados corrompidos no arquivo, tornando-o ilegível.