O Firefox no Ubuntu tem uma extensão / complemento personalizado para temas da interface do usuário. O que você precisa entender é que o Firefox no Linux é uma fusão de diferentes kits de ferramentas, onde alguns componentes são "nativos GTK +" e têm a aparência ditada pelo motor GTK subjacente (que Cinnamon daria a aparência de) e outros componentes são XUL ou a nova UI baseada ("Australis").
Se você remover / desativar o tema do Ubuntu para o Firefox, poderá obter resultados melhores: o Firefox reverterá para o tema padrão, que pode ser mais compatível com a paleta de cores dos widgets do GTK.