Vesta CP, Cloudflare e Let's Encrypt: pasta e erro errados

Question

Estou enfrentando vários problemas com a minha instalação atual do Vesta CP no meu VPS. Tentando mudar de webhosting normal para um VPS, mas não está indo bem até agora.

Problemas:

1. Cloudflare ou Vesta CP apontam para o diretório errado, quando desativo o modo de proxy e mudo para apenas DNS.
2. O LetsEncrypt não pode gerar um certificado devido a um erro "Não autorizado". No entanto, eu poderia fazer isso por outro domínio.

Questão 1 Atualmente, estou usando a seguinte configuração: Registrador - > Cloudflare (proxy) - > VPS (Vesta CP) = Tudo está bem.

Quando tento alternar do modo de proxy: Registrador - > Cloudflare (somente DNS) - > VPS (Vesta CP) = Aponta para outro site, então dois domínios apontam para o mesmo lugar, o que não é o que eu quero.

Qualquer maneira de executar o Cloudflare (somente DNS) e fazer o Vesta CP apontar para o diretório correto?

Questão 2 Eu tenho o Letsencrypt instalado e estou usando-o com outro domínio, onde eu tenho o Strict SSL no Cloudflare, e não recebo nenhum erro.

Quando tento criar um certificado SSL para o meu segundo domínio, recebo um erro (Não autorizado, o desafio não corresponde ...).

Eu quero ter o Strict SSL com o cloudflare para o segundo site e, portanto, preciso de um certificado SSL.

Ajuda Alguém tem o conhecimento para me ajudar a corrigir esses problemas? Eu adoraria isso. Eu tentei muitas coisas por horas, sem nenhuma solução.