Isso é provavelmente porque no Natty a bandeja do sistema está desativada por padrão. Você pode no entanto "whitelist" aplicações. Esses aplicativos aparecerão no canto superior esquerdo da tela, bem ao lado dos outros indicadores de aplicativo, onde eles costumavam estar.
Para colocar um aplicativo na lista de permissões, você pode usar o dconf-tools.
sudo apt-get install dconf-tools
Alt + F2 e tipo dconf-editor
Vá para com.canonical.Unity.Panel
(área de trabalho - > unidade - > painel) e altere systray-whitelist
.
Adicione os aplicativos que você deseja colocar na lista de permissões. Por exemplo, para skype, adicione , 'Skype'
.
Algumas informações sobre como depurar isso estão aqui:
Editar:
Eu tenho outra ideia. Tente adicionar "área de notificação" ao seu painel. Eu fui capaz de reproduzir o mesmo comportamento. Ter o Skype na lista de permissões, mas o ícone da bandeja não apareceu. É provavelmente porque no seu painel é apenas o "applet indicador completo", que tem problemas mostrando aplicativos whitelistet mesmo (usando o desktop clássico).