Você especificou o tipo de sistema de arquivos? Se não, o fsck assume que o sistema de arquivos é ext2. O USB já foi reparado para funcionar no sistema de arquivos ext2 (não sei como isso foi feito), e é improvável que você possa usá-lo no Windows novamente sem formatá-lo completamente em um sistema de arquivos de suporte do Windows (como FAT32 ou NTFS).