Você pode primeiro mover as legendas usando ffmpeg como discutido em " Qual é a diferença entre -ss e -itsoffset no ffmpeg? "E depois gravar as legendas modificadas em seu vídeo:
ffmpeg -ss 01:23:45 -i sub.srt sub_moved.srt
ffmpeg -i input.mkv -vf subtitles=sub_moved.srt -strict -2 out.mp4