"Ignorar proxy para endereços locais" deve funcionar bem. Afinal de contas, só entra em vigor quando se conecta a endereços locais - aqueles que o proxy não poderia alcançar de qualquer maneira .
Procure também na guia "Avançado" para uma lista de exclusão. Você poderia listar todos os seus whatever.localhost
domínios personalizados lá.