Hoje eu formatei meu System Disk e reinstalei o Windows, algumas horas depois os "ghostletters" (eu acho que estavam certos, eles foram designados para as partições efi boot e msftres) estavam de volta.
Eu não sei por que isso acontece ainda, mas eu encontrei uma solução: ext2fsd, um driver de sistema de arquivos ext2 / 3/4 para Windows com um gerenciador de letras de unidade interno. Alguns cliques depois, tudo correu bem, mesmo depois de uma reinicialização.