Auto-resposta aqui:
Todos os programas que eu utilizo não usam o microfone ou oferecem um valor de configuração que me permite desativar o ajuste do microfone.
Todos, exceto o TeamViewer. Mesmo se eu não estiver usando ativamente enquanto estiver sentado na bandeja, ele ajustará o volume do microfone. No momento em que escrevo, não há opção para desabilitar esse comportamento.
Pelo menos é reproduzível e agora posso corrigir manualmente o volume depois de fechar o TeamViewer.