Seu atalho deve ter o link neste formato:
"C:\Program Files\Microsoft Office\root\Office16\ONENOTE.EXE" /sidenote /hyperlink "onenote:https://d.docs.live.net/...."
Exatamente com as aspas.
o onenote:https:...
é a segunda parte do link fornecido pelo Onenote quando selecionada a opção copiar link para a página