Sua configuração SSL deve funcionar na maior parte da configuração de rede que você possui. O TLS (o nome atual do SSL) não se importa se está sendo executado através de IPv4 ou IPv6, ou se é traduzido entre os dois.
Um problema no qual você pode entrar é que as implementações de TLS verificam o nome do host que você digitou no certificado. Portanto, se você se conectar ao link , provavelmente receberá o certificado mydomain.com, que o navegador considerará inválido.
Para resolver esse problema, você pode adicionar o endereço IPv4 do seu servidor-raiz à entrada DNS de mydomain.com. Dessa forma, você pode se conectar ao link e o nome do host coincidirá. A desvantagem disso é que vamos criptografar pode começar a falhar, uma vez que ele irá se conectar à porta TCP 80 em mydomain.com, que pode acabar em seu servidor raiz (e não sendo encaminhado).
PS: Eu tive que obscurecer os links por causa das regras do superuser.com. Minhas desculpas