Meu problema é algum problema com meu próprio código. Eu tentei minicom e quando as opções de série estão definidas corretamente, ele lê a porta ttyUSB0 e meu dongle GPS pode ser lido bem. Aparentemente, há alguma diferença na configuração da porta serial entre o CentOS e o Ubuntu que preciso encontrar. Obrigado por aqueles que comentaram.