Eu recomendaria usar o armazenamento seguindo este guia .
Com essa abordagem, todos os dotfiles estarão em uma pasta, que pode ser controlada por versão / sincronizada. Cria links simbólicos, para que os arquivos de pontos possam ser facilmente atualizados.
Quanto a instalar o software que é necessário, a maneira mais simples seria simplesmente criar um script ou arquivo com anotações sobre o que fazer ao lado da configuração:
/home/user/
dotfiles/
bash/
.bashrc
.bash_profile
.bash_logout
i3/
.config/
i3/
[...some files]
i3.install.sh
$ cd ~/dotfiles
$ stow bash
$ ./i3.install.sh
$ stow i3