Em teoria, pelo menos, você pode encontrar todas as notificações no arquivo
$HOME/.cache/notify-osd.log
No entanto, não encontro mais esse arquivo em 12.04.
Existe um applet chamado "notificações recentes", e você pode instalá-lo adicionando um repositório PPA:
sudo add-apt-repository ppa:jconti/recent-notifications
sudo apt-get update
sudo apt-get install indicator-notifications
Talvez isso ajude.