Depende do que realmente está causando esse pop-up. Você tem o Windows Defender ou alguma outra solução antivírus instalada? É um pop-up deles? Tem certeza de que pode confiar no arquivo? Quais opções a caixa de diálogo oferece a você?
Uma solução pode dizer ao Windows para "Extrair tudo" através do menu de contexto.
Caso contrário, pode ser suficiente verificar as propriedades do arquivo e clicar em desbloquear, pois o arquivo pode estar marcado como "arquivo da Internet".