Como Joel já escreveu, saindo do navegador Chrome e novamente resolveu isso para mim.
Eu marquei o site do Messenger no chrome. Ao visitar este site, os usuários são redirecionados para a conversa mais recente. Como resultado, o favicon do meu favorito é deixado em branco. Existe uma maneira de adicionar um favicon sem links para uma conversa específica?
EDIT : Eu solucionei meu caso específico com o Messenger ao sair e entrar. Uma solução genérica ainda está para ser vista.
Como Joel já escreveu, saindo do navegador Chrome e novamente resolveu isso para mim.