Eu tive o mesmo problema. Depois de algumas escavações, cheguei a esta solução que funciona para mim:
xrandr --output LVDS1 --auto --right-of VGA1 --output VGA1 --auto --scale 1x1
No meu caso, quero que a tela do meu laptop (LVDS1) fique à direita do meu monitor externo (VGA).
Você deve substituir o LVDS1 e o VGA1 pelos seus próprios IDs de dispositivo.
Você pode encontrá-los digitando o comando:
xrandr -q