A sincronização seletiva está agora disponível no OneDrive for Business através do menu Definições & Conta.
Isso permitirá que você remova seletivamente algumas pastas que não deseja sincronizar e evite que as mensagens de erro sincronizem as pastas C #.
No entanto, descobri com minha instalação (Visual Studio 2017 e SQL Server Data Tools 2015) que houve alguns problemas ao remover as pastas do menu de sincronização seletiva. Uma opção adicional é reorientar as pastas Modelo de Projeto do Usuário e Modelo de Item do Usuário para um local diferente em seu computador fora do local sincronizado do OneDrive.
Isso pode ser feito no Visual Studio 2015 e 2017 por meio do Tools > Opções > Projetos e soluções > Opção de locais.
Você precisará copiar todos os modelos existentes para o novo local depois de ter reposicionado o local da pasta. Os modelos estarão disponíveis após uma reinicialização do Visual Studio.
A desvantagem dessa abordagem é que seus modelos não serão sincronizados automaticamente com o OneDrive, e dependerá do acesso que você tiver para criar pastas no seu PC de trabalho.