A maioria dos MBs de jogos / performance tem 2 controladores SATA (como AMD / intel): um primário, geralmente com 4,6 ou 8 portas SATA e um secundário (como um SI).
Os principais são mais rápidos e têm melhor suporte ao driver.
Minha recomendação é ter todos os HDDs no disco principal. SSD também, exceto o caso se você tiver uma porta SATA especial para SSDs, como um suporte a MBs recentes. Todas as unidades ópticas (CD / DVD / BR) ou HDDs não permanentes (como um HDD de backup que você conecta de tempos em tempos) devem estar no controlador secundário.