Infelizmente, não. A opção de aceleração 3D canaliza as chamadas para as APIs 3D do sistema operacional host. Quando você inicia no modo sem cabeça, não está usando a placa gráfica, portanto, não há suporte 3D.
Você não conseguirá trabalhar com a aceleração 3D em todo o RDP, então você pode desativá-lo.