Primeiro, o Master Boot Record (MBR) e o Tabela de Partição GUID (GPT) são tipos de tabelas de partição; são maneiras de codificar os pontos inicial e final das partições, bem como outros metadados da partição. Eles são não sistemas de arquivos. O termo "formato" geralmente é aplicado a estruturas de dados de nível extremamente baixo (um uso raro nos dias de hoje) ou a criação de um sistema de arquivos - isto é, para construções de nível mais alto ou mais alto do que a tabela de partição.
Provavelmente, os problemas encontrados foram relacionados ao Sistema de Arquivos de Novas Tecnologias (NTFS) , que é o sistema de arquivos usado nativamente por versões modernas do Windows. Não conheço nenhuma diferença entre o modo como o Windows 7 e o Windows 10 criam ou gerenciam o NTFS; no entanto, há uma diferença que poderia explicar seu problema: o Windows 8 e posterior implementam um recurso chamado Inicialização Rápida, no qual uma operação de desligamento se torna uma operação de suspensão para disco. Isso resulta em estruturas de dados do sistema de arquivos sendo deixadas em um estado inconsistente. Se você inicializar outro SO (Linux, OS X ou outra versão do Windows), ele verá o disco como se o sistema operacional anterior travasse e tentasse repará-lo. Quando você reinicia para o Windows 10, ele verá um disco "reparado" e não saberá o que fazer com os dados armazenados, mas ainda não gravados no disco. O resultado final pode ser arquivos perdidos, como você descreve, e potencialmente muito mais sérios problemas.
A solução é desativar o Fast Startup. Isso é descrito aqui, entre outros lugares. Você também pode precisar desativar o recurso do Windows 10 Hibernate, que está relacionado; veja aqui para mais informações. Observe que o Fast Startup e o Hibernate são recursos do Windows . Muitas EFIs possuem um recurso chamado "início rápido" ou algo semelhante. Esse recurso é completamente não relacionado ao recurso do Windows e não deve causar esse tipo de problema.
Por que o problema desapareceu quando você usou o MBR em vez do GPT, pode ser que você tenha tido sorte com o uso do MBR; ou pode ser que o Windows não use o Fast Startup em discos MBR. (Não sei se há diferenças entre o GPT e o MBR sobre como o Windows usa esse recurso.)