Por enquanto, estou apenas usando a versão do GitHub, pois suspeito que essa seja a intenção da MS. Eu apontei Webstorm para este combo folder \ file (a versão portátil do GitHub).
C:\Users\[UserName]\AppData\Local\GitHub\PortableGit_[GUID]\cmd\Git.exe
Eu também adicionei ao PATH junto com a pasta 'bin', então eu poderia acessá-lo do Powershell:
C:\Users\[UserName]\AppData\Local\GitHub\PortableGit_[GUID]\bin
C:\Users\[UserName]\AppData\Local\GitHub\PortableGit_[GUID]\cmd
Estranhamente, não estou vendo nenhuma opção do Git nos menus de contexto do VS 2015 para arquivos ... Eu acho que eles quebraram tudo! Se você tiver alguma opinião sobre isso, eu ficaria feliz em ouvi-los.