Problema resolvido!
Originalmente, eu tinha realizado uma operação Cut + Paste para mover todos os arquivos e pastas da unidade D para a minha unidade C. Eu tinha recebido alguns erros por alguns arquivos que diziam que eu não podia mover esses arquivos porque o tamanho dos arquivos era muito longo.
Eu estava passando por cada pasta que permaneceu e excluindo-os depois de obter os arquivos dessas pastas. Então eu corri para um problema onde me deixava excluir a pasta "arquivos". Eu tentei um monte de coisas diferentes sem sorte.
Fora do desespero, decidi reiniciar meu computador. TADA! Isso resolveu o problema. Quando eu vou para o local das pastas, a pasta desaparece. Talvez fosse um fantasma na máquina.
Moral da história é sempre tentar reiniciar antes de postar nos fóruns! :)