Você está no caminho certo quando se trata de configurar o servidor DNS, mas há um pouco mais:
Primeiro, você precisa configurar seus nomes de domínio para que aponte para um servidor DNS especificado. Sempre que você registrou o nome de domínio deve ser o seu lugar para isso.
Quanto ao servidor DNS que você especificou, ele precisa principalmente de duas coisas: Um registro NS e um A-record . O registro NS basicamente define um ou mais servidores DNS para o seu domínio. O registro A é o que resolve o nome do host atual pertencente ao domínio.
Depois de ter seu servidor DNS associado ao domínio, além do NS e do (s) registro (s), seu servidor da Web deverá funcionar, desde que esteja configurado para atender às solicitações passadas para o nome do domínio.
Eu forneceria exemplos de configuração, mas isso estaria além do escopo desta resposta, pois não sei nada sobre o seu sistema.
PS: muitos vendedores de domínio oferecem um serviço DNS. Se você precisar de uma configuração de DNS bastante básica, convém conversar com eles sobre isso.