Você pode usar ControlSend
. Você não deve ter que enviar um comando 'up' separado, embora você possa colocar isso lá se quiser. As chaves serão enviadas mesmo que a janela esteja minimizada ou inativa.
Note que isto não é uma verificação se isso acontece ou não, apenas tenta enviar de qualquer forma.
myWinTitle:="ahk_exe iexplore.exe" ; pick a window title or program
Loop {
ControlSend,,^{vk43sc02E}, %myWinTitle% ; send Ctrl+C
Sleep 100
}
pause::pause