Um pouco atrasado voltando para esta festa, mas eu posso ter tido um momento da AHA.
O Keynote está latindo no tema do Office, que é o tema padrão sobre o qual sua apresentação foi construída, provavelmente.
Os temas podem incluir informações sobre fontes, entre outras coisas ... o tema da fonte controla quais fontes são usadas por padrão para títulos e outros textos. Você pode ter usado fontes totalmente diferentes para todo o seu texto, mas o Keynote pode estar assumindo que Theme Font = Used Font. E reclamando disso.
Tente criar um novo tema de fontes que use fontes de título e corpo instaladas em todas as suas plataformas de destino (o que você estiver usando agora, por exemplo, já que elas parecem estar funcionando bem). Aplique o novo tema da fonte e tente abrir no Keynote.