Meu entendimento é que é por design, a menos que você exclua explicitamente uma foto do seu telefone Android, ele permanece. Pense no Google Fotos como um serviço de backup, eles estão tentando fazer backup de suas fotos do seu telefone para a nuvem para liberar espaço no seu celular e permitir o compartilhamento ...
Com backup e & sincronização ativada, você pode excluir cópias locais do seu dispositivo móvel, mas manter as cópias em nuvem salvas na sua biblioteca do Google Fotos.