A solução foi regenerar as imagens de inicialização com o update-initramfs (obrigado Denis).
Para todos os kernels (se você tiver mais de um instalado)
update-initramfs -u -k all
Para o kernel atualmente usado (se você não quiser tocar nos outros)
update-initramfs -u
Depois disso, as opções foram definidas porque vi um erro de inicialização sobre o parâmetro "enable_huc" sendo inválido (dmesg). No entanto, o systool ainda não mostra as opções.