Eu tenho quase a mesma configuração, exceto que é um R9 FURY X emitindo HD em um dos DisplayPorts e 4K (UHD) por HDMI. Foi um pesadelo fazê-lo funcionar bem, mas, eventualmente, depois de tentar várias táticas diferentes várias vezes ao longo de alguns meses, achei o correto, AMDGPU-PRO drivers da AMD.
Você provavelmente vai querer a versão atual, 16.60 para o Ubuntu 16.04. Não sei quanto melhoraram o processo de instalação desde que o instalei pela primeira vez há um ano, mas recomendo seguir suas instruções. Eu tive que instalar o & amp; reinstalar uma versão mais antiga várias vezes (e ajustar algumas configurações do X) antes que funcione corretamente o tempo todo.
Eu não uso o vídeo integrado (Intel), mas trabalhei simultaneamente com as outras duas telas. Realmente, os dois grandes monitores oferecem bastante espaço na tela para mim.
Boa sorte.