Eu tenho medo que não seja possível com o Nautilus agora, tudo é reordenado toda vez que você faz uma mudança. Então, sua única opção é fazer como o totti diz: escolher outro tipo de ordenação para que a ordem dos arquivos não mude se você renomear um arquivo.
Isso diz respeito ao Nautilus. Talvez outros gerenciadores de arquivos, como o Dolphin ou o Thunar, permitam o tipo de comportamento que você deseja, mas duvido seriamente disso ...