Defina a opção default-command para a sessão executar seu shell (suponho que seja bash ) com a opção --rcfile para usar seu script de shell como o arquivo de inicialização
set-option -g default-command "bash --rcfile yourscript.sh"
Como --rcfile substitui .bashrc , você adiciona source .bashrc ao início de yourscript.sh . Se você normalmente iniciasse um shell de login em uma janela tmux , adicione source .bash_profile .
Para ter comandos padrão separados para sessões diferentes, você precisa criar a sessão primeiro e, em seguida, definir seu comando padrão.
tmux new-session -s projectA
tmux set-option -s -t projectA default-command "bash --rcfile projectA.sh"
Você pode querer definir uma função de shell para simplificar a configuração de uma nova sessão, algo como
new_session () {
tmux new-session -s "$1"
tmux set-option -s -t "$1" default-command "bash --rcfile $1.sh"
}