Eu vi isso acontecer se houver um problema em fornecer energia suficiente. De acordo com o padrão, o USB 3 deve suportar 900mA, mas eu encontrei um hardware que minimiza isso - Fornece a taxa de dados, mas não consegue acionar dispositivos diversos, como discos rígidos (por exemplo, se estiver conectando disco rígido para o meu tablet, eu preciso usar um hub USB como um injetor de energia).
O fato de o seu disco ficar lento durante ou logo após a atividade faz parecer que ele está mal conseguindo o que precisa. Para ver se este é o caso, tente conectá-lo através de um hub USB que tenha seu próprio poder. Se você fizer isso, o hub USB fornecerá a energia em vez do seu computador.
EDIT: Não tenho certeza sobre o modelo 2007 do Mac Mini, mas isso soa muito cedo para o USB3 para mim. Ela tem uma porta USB3 ou você está executando a unidade no USB2? Se este último, então esse pode ser o problema, e o truque do hub USB é sua melhor aposta. Enquanto o USB3 é compatível com versões anteriores, alguns dispositivos USB3 precisam de mais corrente do que um sistema USB2 pode fornecer, já que o USB2 está limitado a (se a minha memória me atender corretamente) 400mA.