Algo ao longo destas linhas deve fazer o truque.
apt-get install $(grep -vE "^\s*#" filename | tr "\n" " ")
A construção $ (alguma coisa) executa o comando algo , inserindo sua saída na linha de comando.
O comando grep excluirá qualquer linha que comece com #, permitindo, opcionalmente, espaços em branco antes dele. Então o comando tr substitui as novas linhas por espaços.