Esses não são arquivos ocultos, eles são arquivos "desktop". Eu não sei mostrar os nomes reais dos arquivos da área de trabalho de maneira geral, mas simplesmente alterá-los para não-executáveis faz o que você quer.
Para fazer isso em cada arquivo, clique com o botão direito do mouse no arquivo e siga as etapas:
-> properties -> permissions -> Uncheck: Allow executing file as program
Via terminal:
chmod -x /where/is/this/desktop/file.desktop
Mas, se você fizer isso, você não poderá executar o aplicativo usando este arquivo .desktop.