Eu tenho que refazer um script bash (não originalmente escrito por mim) e em algum momento há uma conexão ssh com o usuário "root" e a primeira coisa depois disso é:
su - otheruser
Eu realmente não entendo porque não basta entrar como otheruser no ssh e eu tenho as duas senhas para root e otheruser.
Existe alguma (mesmo pequena) diferença de caminho em relação a outra coisa?
Existe (pelo menos) um motivo possível. Admin configure ssh para ser permitido somente com key e a única conta com key é root. Então você faz login como root e depois muda para outro usuário.
Outro motivo pode ser restrição via sshd_config aos usuários, com permissão para login via ssh.