PCI, PCI-X e PCI Express não podem ser desativados. Um ou mais deles será o barramento principal que o computador usa para se comunicar com periféricos internos; desativá-los provavelmente desativará sua placa de vídeo e poderá desabilitar outras coisas como discos rígidos, ethernet / wifi, USB e unidades de disco rígido / unidades SSD, dependendo da configuração de hardware do computador. Também não há vantagem de segurança para desativá-los: como eles são internos, um invasor com acesso a eles também tem acesso físico direto aos chips de memória e pode simplesmente lê-los diretamente, em vez de passar pelo DMA.
FireWire, Thunderbolt, ExpressCard e PCMCIA são melhor desativados através do BIOS do computador. O manual do seu computador pode lhe dizer como acessar o BIOS; se não, a maneira mais comum é pressionar F2 ou DEL durante a inicialização, dependendo do BIOS. O layout das telas de configuração do BIOS varia de computador para computador, então você terá que consultar o manual (ou procurar coisas que parecem corretas) para descobrir como desabilitar o que você deseja. Lembre-se de que, se você não souber o que está fazendo, fazer alterações nas configurações do BIOS poderá inutilizá-lo até que você execute uma reinicialização do BIOS.
Se você realmente deseja passar pelo Windows para desativar as coisas, o Gerenciador de dispositivos é a ferramenta que você deseja. Acredito que FireWire, Thunderbolt, ExpressCard e PCMCIA aparecem na seção "Dispositivos do sistema": para desativar um deles, clique com o botão direito e selecione "Propriedades", depois clique no botão "Desativar" na guia "Driver". Não tenho ideia se isso realmente irá protegê-lo de ataques de DMA.